无论哪种应用，COBE 2991 血细胞处理系统上的几乎所有血细胞处理的程序都应遵循以下基本步骤：
细胞处理操作程序通常包括一个或多个循环：每个循环包括三个操作：
操作员可选择在手动或自动模式下运行操作程序。
以下示例阐明了选择自动处理时的循环运行方式。本示例中所用的循环是基于洗涤红细胞 (RBC) 压积以去除血浆的处理程序。COBE 2991 血细胞处理系统套件（产品目录编号 90819）是适用于本程序的一次性套件。
“开始/旋转”操作通过旋转离心机，把起始细胞产物成分分离成几层。用户通过改变旋转时间和离心机速度来控制分离。
当编程的旋转时间结束时，COBE 2991 血细胞处理系统从“开始/旋转”前进至“上清液去除”操作。
“上清液去除”操作挤压上清液（本示例中为血浆）或具有最低比重的产品成分层，使其脱离细胞处理袋。
上清液去除阀 (SOV) 开启并在柔性膜片下方泵送液压液，以推动细胞处理袋底部，挤压上清液（血浆）脱离细胞处理袋。
采用红细胞检测器的红外传感器检测到红细胞的存在会使 COBE 2991 血细胞处理系统从“上清液去除”操作前进至“搅动/内洗”操作。
“搅动/内洗”操作允许细胞产物与处理/洗涤液混合。
离心机减速至附近停靠点。液压泵逆行至其起始位置。在重力作用下，处理/洗涤液流入细胞处理袋，因为离心机的振动会导致细胞产物和处理/洗涤液混合。
在“搅拌/内洗”操作后结束的已编程操作程序使最终细胞产物悬浮在处理/洗涤液中。
高效且可重复的自动血细胞处理的程序近在咫尺。所有 COBE 2991 血细胞处理系统均可自动处理细胞产物，可以存储 10 个操作程序，并且每个操作程序中最多可以使用 7 个循环。
循环
用于为每个操作程序编程最多 7 个循环。在自动模式下，循环显示表示当前周期。
旋转时间
用于控制每个循环的“开始/旋转”操作的持续时间，从 00.0 分钟到 99.9 分钟时间不等。
红细胞置换 (R.C.O.)
用于在细胞检测后根据上清液挤压出细胞处理袋的速度以及 R.C.O. 计时器设置丢弃大量不需要的红细胞。
高质量采集计数